解読 Scalable and accurate deep learning with electronic health records

10 31, 2018 カテゴリー DeepLearning, Healthcare

Google最新論文（18年）。最近ニュースでも話題になった入院患者の死亡率などを予測する深層学習の論文。まだ、日本語でちゃんと解説された記事が無かったので、簡単なメモを作成。間違いや、良くわからん訳などあるかもしれないが、そこはご容赦願ください。

ishihara.jp

Information Visualization, Machine Learning, Computer Vision, etc.

Software Engineer

Japan

サンプルコード実行と解析

Nov 11, 2018

Twitter-Get-Old-Tweets-Scraper 環境セットアップあれこれ

Nov 11, 2018

ソースコード一式ダウンロード https://github.com/PJHRobles/Twitter-Get-Old-Tweets-Scraper からローカルにリポジトリをクローンインストール make install でいきなりつまづく Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/1v/g2fqy_b139q__x889srs2ylh0000gn/T/pip-install-X9ymPh/get/ 下記サイトを参考にトラブルシューティング開始 https://github.com/palantir/python-language-server/issues/370 brew reinstall python をやろうとしたところ、またまたエラー Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in ...うんたらかんたら下記サイトに同様の症状の対処方法が載っていた https://qiita.com/Jung0/items/d4012814e6fb1b694208 対処方法 $ sudo mkdir /usr/local/Frameworks $ sudo chown $(whoami):admin /usr/local/Frameworks 次に、brew reinstall python をやり直し。成功。次のステップ echo 'export PATH="/usr/local/opt/sqlite/bin:$PATH"' >> ~/.

解読 Scalable and accurate deep learning with electronic health records

Oct 10, 2018

Google最新論文（18年）。最近ニュースでも話題になった入院患者の死亡率などを予測する深層学習の論文。まだ、日本語でちゃんと解説された記事が無かったので、簡単なメモを作成。間違いや、良くわからん訳などあるかもしれないが、そこはご容赦。 ○論文原著（概要と結果） Alvin Rajkomar(Google), et.al. “Scalable and accurate deep learning with electronic health records”, npj Digital Medicinevolume 1, Article number: 18 (2018). 補足資料（具体的な手法説明） Supplementary Materials ○ソースコード FHIRデータ形式のソース https://github.com/google/fhir ○関連記事 Googleが病院を訪れた患者の身に「次に何が起こるか？」を予測する技術を開発 https://gigazine.net/news/20180510-deep-learning-for-electronic-health-records/ 医療情報をクレンジングなしで容易に統合、AIで経過を高精度予測　googleの研究 https://medit.tech/google-and-the-teams-repo/ 簡単に言うと Google＋UCサンフランシスコ校+シカゴ薬科大+スタンフォード大の研究チームが、複数の医療機関の電子カルテ（EHR）情報を標準フォーマット（FHIR）で統合し、入院患者の経過（院内死亡、計画外再入院、入院長期化）と退院診断名を深層学習等を用いて予測するアルゴリズムを開発。すべてのタスクにおいて既存手法を上回る精度を達成。これにより、早期（例えば入院後24時間以内）に高リスクの患者を検知しアラートを挙げることで、医療従事者は何らかの対策を打てるようになる。 ※全体概念図は下記感想転移学習のようなネットワーク側でデータ形式の違いを吸収するのではなく、ネットワークへデータ入力する前に、生データからベクトル化(Embedding)する前処理で吸収。（帰納学習ではなく、表現学習の論文とみると合点がいった）前処理は、標準コード化、正規化、自然言語処理などの様々な手法の組み合わせ。この論文の最も注力した部分であり、後段処理の深層学習に頼らず、各種データの特性に合わせて（愚直に）作り込んでいる印象。推定モデルに関しては、時系列データ向け深層学習（LSTM）、フィードフォワード・ニューラルネットワーク、ブースティングモデルの計３つの（オーソドックスな）手法に並行してデータ入力し、得られた３つの出力から多数決により１つ選ぶ。これを最終的な推定結果とした。ベースラインとした手法に、本研究で得た全データのベクトルを入力した場合と、先行事例で扱っていた限定データの特徴量を入力した場合で性能比較。前者の方が後者よりも高い性能を得たことから、本研究のように臨床の様々なデータを余すこと無く使うことが重要であることも示唆。概要 EHR生データを全てFHIR形式（下記、参考参照）へ記録し、深層学習などを用いて複数タスク（①患者の院内死亡、②計画外再入院、③入院長期化、④退院診断名）の推定を行った。タスクを選んだ理由院内死亡：医療の重要な結果計画外再入院：医療の質を客観評価できる指標入院長期化：医療資源の活用指標退院診断名：患者の問題理解の指標結果タスク提案手法従来手法院内死亡 0.

備忘録

Sep 9, 2018

環境立ち上げコマンド Github に blog と ishihara-jp.github.io という名前のリポジトリを作る。コマンドなどの手順か下記サイトをそのまま利用参考：https://chanmitsu55.github.io/2017/12/25/2017-12-25-create-blog-by-hugo/ テーマは hugo-tranquilpeak-theme を選択 Hugoコマンドでエラー（？）が出たため、正しくサイトが出力されていない。（最初はテーマを beautifulHugo にしていて、テーマ固有の問題かと思ったが・・・） WARNING: calling IsSet with unsupported type "invalid" (<nil>) will always return false. とりあえず対策として、xcode-selectのインストールと、goのインストールと、Hugoのアップグレードをやってみたら、なんか解決した。 xcode-select --install brew upgrade hugo brew install go cd $HOME/go export GOPATH=$HOME/.go export PATH=$PATH:$GOPATH/bin コメント欄の作成 DISQUSを導入参考：https://monoworks.co.jp/post/2016-11-13-adding-disqus-to-hugo-template/ config.tomlに上記サイトで作成したショートカット名（自分の場合はishihara-jp）を記入 disqusShortname = "ishihara-jp" 記事作成画像の挿入方法画像フォルダを作成 staticフォルダ配下にimagesフォルダを作成 static/images このimagesフォルダに適当な画像（例：2018-10-28 22.19.36.png）をコピーして、markdown形式で記述